来源原则：强调档案应按照其形成来源进行整理和分类。同一形成者或同一组织机构形成的档案应集中在一起，不同来源的档案应分开整理。这样可以保持档案在来源方面的独立性和完整性，便于从档案的形成背景和历史沿革角度进行管理和利用。例如，一个机关单位的档案要与其他机关单位的档案区分开来，单独进行整理和分类。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
考虑档案形成背景和目的
了解形成主体：明确档案是由哪个组织、部门或个人形成的，以及其主要职能和业务范围。不同的形成主体会有不同的工作重点和主题倾向，这有助于确定档案的主题和分类标准。例如，学校的档案可能会围绕教学、科研、学生管理等主题分类，而企业的档案则会侧重于生产、销售、财务等方面。
分析形成目的：思考档案形成的目的是什么，是为了记录工作过程、总结经验教训、提供决策依据，还是为了其他特定的用途。档案的形成目的往往与主题密切相关，例如，为了总结项目经验而形成的档案，可能会以项目名称或类型作为主题分类的依据。
保持一致性和灵活性
一致性：在整个档案整理过程中，要保持主题和分类标准的一致性，避免出现同一类档案在不同部分采用不同分类标准的情况。这有助于建立统一的档案管理体系，方便档案的管理和利用。
灵活性：虽然要保持一致性，但也不能过于僵化，要根据档案的实际情况和特殊需求，适当调整和灵活运用分类标准。对于一些难以准确归类的档案，可以设置 “其他” 类别作为兜底，但要尽量减少此类情况的出现，确保分类体系的科学性和合理性。