保管和利用原则：档案整理要便于保管和利用。在整理过程中，应根据档案的载体类型、数量、重要程度等因素，选择合适的保管方式和装具，如档案盒、档案柜等，确保档案能够得到妥善保存。同时，整理后的档案应具有清晰的分类和编号体系，建立完善的检索工具和目录，方便档案管理人员快速查找和提供档案，满足利用者的需求。例如，将常用的档案放置在便于取用的位置，按照一定的分类规则排列，使利用者能够通过检索工具迅速找到所需档案。
按文件间的关联分类
系列文件分类：对于具有连续性、关联性的系列文件，如会议文件，可将会议通知、议程、报告、决议等按会议的先后顺序整理成一个系列，体现会议的完整过程和决策形成的脉络。
文件组合分类：将在内容上相互补充、相互印证的文件组合在一起。例如，一份政策文件与其相关的实施细则、解释说明、执行情况报告等组合分类，能更、深入地反映政策的制定和执行情况。
参考相关标准和规范
国家标准和行业标准：许多行业和领域都有关于档案分类的国家标准或行业规范，这些标准提供了通用的分类框架和主题词表，可以作为确定主题和分类标准的重要参考。例如，《企业档案工作规范》《机关档案工作条例》等对不同类型档案的分类都有相应的规定。
专业分类体系：对于一些特定的专业领域，如医学、法学、历史学等，有专门的分类体系和主题词表。在整理相关专业档案时，可以借鉴这些专业分类体系，使档案的分类更加科学、准确，便于专业人员的利用和研究。
结合实际使用需求
满足利用者需求：考虑档案的主要利用者是谁，他们通常会以何种方式查找和使用档案。例如，对于企业的档案，财务人员可能需要按财务科目分类查找财务报表，销售人员可能更关注按客户或产品分类的销售记录。因此，在确定主题和分类标准时，要尽量满足不同利用者的需求，提案的利用效率。
便于检索和查询：分类标准应便于建立清晰的检索体系，使档案能够通过关键词、主题词等快速检索到。可以采用多级分类的方式，将大的主题进一步细分，每个类别都有明确的定义和范围，避免分类过于笼统或模糊，以便于准确地定位和查询档案。