全宗原则：全宗是一个独立的机关、组织或个人在社会活动中形成的全部档案的有机整体。档案整理要维护全宗的完整性，即同一全宗的档案不可分散，不同全宗的档案不得混淆。这有助于保持档案之间的内在联系，反映一个特定主体的活动全貌。比如，某企业的档案构成一个全宗，其各个部门、各个时期形成的档案都应归属于这个全宗，不能将该企业的档案与其他企业的档案混在一起整理。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
按来源分类
组织机构分类法：按照档案形成的组织机构进行分类，将同一部门或单位形成的档案集中在一起。如政府机关中，不同科室形成的档案分别归类，能体现各部门的职能和工作范围，以及部门之间的协作关系。
作者分类法：以档案的作者为分类依据，将同一作者形成的档案归为一类。对于个人档案或一些特定作者群体的档案，这种分类方法有助于了解作者的思想、工作风格和学术成就等。
结合实际使用需求
满足利用者需求：考虑档案的主要利用者是谁，他们通常会以何种方式查找和使用档案。例如，对于企业的档案，财务人员可能需要按财务科目分类查找财务报表，销售人员可能更关注按客户或产品分类的销售记录。因此，在确定主题和分类标准时，要尽量满足不同利用者的需求，提案的利用效率。
便于检索和查询：分类标准应便于建立清晰的检索体系，使档案能够通过关键词、主题词等快速检索到。可以采用多级分类的方式，将大的主题进一步细分，每个类别都有明确的定义和范围，避免分类过于笼统或模糊，以便于准确地定位和查询档案。