商业保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出据的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，以许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。另外，费用较担保公司保函也更高；办理手续的周期也相对更长。
银行保函的办理流程：
1、填写开立保函申请书并签章；
2、提交保函的背景资料，相关的保函格式并加盖公章，企业近期财务报表和其它有关证明文件；
3、落实银行接受的担保；
4、由银行审核后对外开出保函。
农民工工资保函是指保函机构应申请人要求，保证其在生产建设的过程中或依据项目工程所在地相关部门要求，按规定时间、按规定金额向参与项目生产、工程建设的施工建设人员支付工资的保证文书。