从胸鳍来看 雌鱼的胸鳍呈圆形较大；雄鱼的胸鳍粗壮而强硬，胸鳍端部略小而稍圆。此外，在性成熟阶段，可从胸鳍边缘条上有无“追星”来检查，用手抚摩鳍条，如有粗糙的角质状凸起者为雄鱼，光滑者为雌鱼。
锦鲤主要观赏背面，所以选择上下较扁、剖面是扁椭圆形、整体呈纺锤形的，而色彩则根据培育目的来选择相应体色的亲鱼。例如，要培养红白锦鲤，就应从红白品系中选择健康的雌、雄鱼作亲鱼。如果在培养繁殖用锦鲤时，将不同品系亲鱼放在一口大鱼塘中任其自然繁殖，这样显然不能获得满意的结果。
同时将雄鱼的精液挤于其上，用过的羽毛轻轻搅拌，使之授精，2分钟～3分钟后，即将受精卵均匀地倒入预先置于浅水脸盆的鱼巢上，静置十几分钟后待受精卵粘固，用清水洗去精液，即可进行孵化。
挑选工作在孵出后3个多月内进行3次～4次。挑选因品种的不同、生长速度和斑纹出现时间等方面的差异而略有不同。挑选时，首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼，还要依照花纹的生长状况和质量标准进行挑选。